Nematoda
Metode yang telah lama
digunakan untuk mengidentifikasi nematoda ialah membandingkan ciri-ciri morfologi
spesimen dengan pertelaan yang telah diterbitkan, seringkali dengan bantuan
kunci identifikasi. Berkaitan dengan hal ini, specimen harus diawetkan dan
direkatkan untuk diamati dan diukur dengan bantuan mikroskop mengharuskan
dengan perbesaran tinggi. Untuk identifikasi yang meyakinkan, sebanyak 5–10
nematoda betina dewasa dan atau jantan perlu disediakan, karena beberapa ciri
yang membedakan bersifat kuantitatif dan keragaman antar jenis umum dijumpai. Dalam
banyak kasus, identifikasi nematoda parasit tanaman sampai tingkat marga dapat
dilakukan berdasarkan ciri-ciri morfologi umum, pengetahuan mengenai inang dan
fauna nematoda di daerah koleksi. Pada beberapa kasus, identifikasi spesimen
hidup sampai tingkat jenis dimungkinkan dengan informasi tersebut. Walaupun
demikian, beberapa jenis nematoda sulit ditentukan, bahkan dengan hasil
pengamatan pakar mengenai sifat morfologi dan morfometrik yang tepat. Oleh
karena itu, nematologi
berdasarkan taksonomi dan diagnosa bergerak semakin cepat menuju metode molekuler
dan biokimia. Untuk beberapa marga nematoda, sekarang diperlukan informasi
tentang rangkaian DNA untuk mempertelakan jenis baru. Studi kemotaksonomi
menunjukkan adanya jenis kriptik, yaitu jenis yang tidak dapat dibedakan
berdasarkan sifat morfologinya.
a). Perlunya
identifikasi
Pendekatan dan keahlian
yang diperlukan untuk identifikasi nematoda akan bergantung kepada tujuannya.
Spesimen yang disimpan dalam koleksi nasional dan internasional harus
dideterminasi, atau paling tidak dikonfirmasi, oleh seorang ahli taksonomi
nematoda yang berpengalaman. Meskipun, perlu diketahui bahwa untuk takson yang
sulit, ahli taksonomi yang berpengalamanpun mungkin memberikan determinasi yang
berbeda atau mungkin tidak dapat memberikan identifikasi yang pasti. Untuk
keperluan survei, identifikasi nematoda mungkin cukup dilakukan oleh ahli
diagnosa nematoda, saran ahli taksonomi hanya diperlukan jika terdapat catatan baru
atau jenis yang belum dapat diidentifikasi. Apabila ada catatan baru, specimen harus
disimpan dalam koleksi nasional untuk pemeriksaan ulang apabila diperlukan. Jika
ada kemungkinan mempunyai implikasi karantina dan perdagangan, maka konfirmasi
yang mandiri dapat dianjurkan sebelum dipublikasi. Untuk studi pengelolaan atau
ekologi, determinasi spesimen hidup dengan memperhitungkan fauna lokal dan
inang yang sedang diteliti mungkin tepat guna. Namun, untuk memperkuat studi
seperti itu disarankan untuk memperoleh penegasan dari ahli taksonom mengenai
material yang sedang diteliti. Seringkali dalam pekerjaan seperti ini hanya
marga saja yang dideterminasi.
b). Membedakan nematoda
parasit tanaman
Untuk keperluan produksi
tanaman dan pengaturannya, pada awalnya penting untuk membedakan nematoda
pemakan tanaman dan nematoda pemakan substrat lain. Nematoda pemakan tanaman
mempunyai stilet (alat makan berlubang yang dapat dikeluar-masukkan) pada
lubang mulutnya. Klasifikasi spesimen hidup ke dalam kelompok-kelompok yang
diduga, dimungkinkan dengan memeriksanya dibawah mikroskop stereo yang baik
kualitasnya. Menunjukkan keragaman dalam morfologi anterior nematoda yang
berhubungan dengan perilaku makan.
Dari pada makan tanaman,
beberapa jenis nematoda yang berstilet lebih menyukai jamur, ganggang dan lumut
kerak, dan beberapa jenis lainnya bertindak sebagai predator mikrofauna tanah.
Oleh karena itu, hubungan antara morfologi dan inang perlu dipertimbangkan
untuk menempatkan spesimen secara pasti ke dalam marga pemakan tanaman.
c). Identifikasi jenis
Identifikasi berdasar
morfologi
Identifikasi dilakukan
berdasarkan bentuk, adanya ciri-ciri anatomi dan jumlahnya termasuk dimorfisme
seksual secara morfologi, ukuran-ukuran serta rasio ukuran ukuran (morfometrik).
Kunci-kunci dan pertelaan yang telah diterbitkan menunjukkan ciri-ciri yang
mendiagnosa marga dan jenis. Kunci identifikasi yang dapat digunakan dengan
bantuan komputer juga telah tersedia. Dua contoh yang menggunakan
program-program berbeda adalah marga-marga nematoda tanaman (www.lucidcentral.org)
dan nematoda Australia
(www.ento.csiro.au).
Identifikasi secara
molekuler dan biokimia
Metode-metode DNA
berdasarkan urutan pemeriksaan, fragmen yang terbatas dan yang sejenisnya telah
dikembangkan untuk memecahkan beberapa tantangan identifikasi dan diagnosa yang
teliti. Sebagian orang mengandalkan pada ekstraksi dan amplifikasi (penguatan)
DNA dari individu nematoda, sedangkan yang lainnya dapat mendeteksi dan
menghitung jenis-jenis tertentu dalam contoh tanah. Suatu kendala yang nyata
ialah bahwa identifikasi dapat hanya terbatas pada suatu jenis tunggal atau
kelompok jenis yang kecil dan validasi mungkin dapat dilakukan dengan penarikan
contoh terbatas dari keragaman antar jenis. Walaupun demikian, penerapan
teknologi ini mungkin sekali meningkat dengan pesat.
Metode-metode kemotaksonomi
lainnya telah dikembangkan, yang meliputi analisa isozim, profil protein,
pengujian serologi, tetapi hanya beberapa yang telah diterima secara luas.
Pemilahan jenis-jenis nematoda buncak akar dengan cara analisa isozim telah
terbukti merupakan pendekatan yang praktis karena sifat-sifat morfologi berdasarkan
diagnosa kurang tegas. Pendekatan DNA dan kimia membutuhkan fasilitas yang
lebih canggih tetapi tidak memerlukan tenaga ahli taksonomi terlatih dalam
diagnostik rutin. Walaupun demikian, pengembangan pendekatan ini lebih lanjut
harus menggunakan bahan yang telah diidentifikasi secara dapat dipercaya untuk
memberikan cara pemecahan yang kuat.
