Bakteri
Bakteri adalah mikroorganisme bersel
tunggal, prokariot, tidak berklorofil, dan dicirikan oleh perkembang biakan
yang cepat. Bakteri terdapat di mana-mana dan beragam menurut sifat fisiologinya,
sehingga mereka menempati relung ekologi yang luas. Penyakit bakteri pada
tanaman terdapat di seluruh dunia. Karena bakteri menyukai kondisi lembab atau hangat,
mereka sangat penting di daerah tropik, subtropik dan yang suhunya hangat.
Umumnya bakteri dapat bertahan hidup
pada sisa-sisa tanaman pertanian, didalam tanah, pada biji atau tanaman
hidup. Bakteri menginfeksi tanaman
melalui luka atau pembukaan alami seperti
stomata dan lentisel. Biji yang terinfeksi,
bibit tanaman yang terinfeksi, cipratan
air, serangga dan mesin semuanya dapat menyebarkan bakteri. Tidak ada klasifikasi formal untuk
bakteri, namun nama-nama yang
diberikan untuk bakteri telah diatur. International Code of Nomenclature
of Bacteria ( Bacteriological Code) berisi peraturan-peraturan yang
mengatur pemberian nama bakteri yang akan digunakan. Pada
tahun 1975, Bacteriological Code (Revisi 1975) memperkenalkan konsep publikasi yang
sahih ( valid ) untuk nama-nama bakteri. Penerbitan Approved Lists of Bacterial Names ( International Journal of Systematic Bacteriology , 1980, 30, 225-420) merupakan titik
awal baru dimulainya tata nama bakteri. International Code of Nomenclature
of Bacteria (Revisi 1990) merupakan landasan tata nama bakteri. Kode
tersebut menyatakan bahwa nama suatu takson terbit dengan sahih dan karena itu
kedudukan dalam tata nama, jika salah
satu kriteria berikut ini terpenuhi:
- Nama tersebut disitir di dalam Approved Lists of Bacterial Names;
- Nama tersebut terbit di dalam makalah dalam International Journal of Systematic Bacteriology (IJSB) atau dalam International Journal of Systematic and olutionary Microbiology(IJSEM) dan memenuhi persyaratan yang ditetapkan dalam bacteriological Code. Sejak Agustus 2002, ada lagi satu persyaratan dari IJSEM bagipenulis jenis baru, anak jenis baru, dan kombinasi baru untuk memberikan bukti bahwa spesimen tipe telah disimpan sekurang-kurangnya paling tidak di dua koleksi kultur yang dikenal di dua negara yang berbeda;
- Nama tersebut telah diterbitkan secara sahih dengan cara diumumkan dalam Daftar validasi. Daftar Validasi adalah daftar yang diterbitkan dalam IJSB atau IJSEM yang memvalidasi nama-nama bakteri yang diterbitkan di tempat lain.
Approved Lists of Bacterial Names memuat 2.212 nama marga, jenis atau
anak jenis dan 124 nama takson tingkat yang
lebih tinggi. Approved Lists of Bacterial Names mengakui nama jenis-jenis bakteri
berdasarkan pertelaan modern. Pada tahun 2002 tercatat adanya 5.806 jenis bakteri
yang termasuk dalam sekitar 1.094 marga. Telah tercatat adanya 132 jenis bakteri
patogen tanaman dalam 29 marga. Marga-marga utama bakteri penyebab penyakit
tanaman adalah Agrobacterium , Clavibacter , Erwinia , Pseudomonas , Streptomyces , Xanthomonas dan Xylella.
Dalam takson-takson di atas ada beberapa ratus
patogen, banyak yang dikenal sebagai patovar yang spesifik pada jenis dan marga
tanaman inang mereka. Contohnya, Pseudomonas syringae mempunyai lebih dari 40 patovar yang
berbeda, sedangkan Xanthomonas campestris mempunyai lebih dari 123 patovar.
Banyak bakteri patogen tanaman
mempunyai daur penyakit yang hidup pada inang sebagai epifit sebelum fase patogen.
Banyak bakteri patogen tanaman tidak masuk ke dalam sel secara langsung, tetapi
memperbanyak diri dalam ruang antar sel.
Bakteri-bakteri ini dapat masuk
melalui lubang alami seperti stomata , hidatoda , dan luka. Bakteri-bakteri ini memiliki
satu seri faktor virulensi yang dikeluarkan
oleh bakteri, termasuk enzim
ekstraselular, racun, fitohormon dan polisakarida ekstraselular. Diagnosa penyakit bakteri dapat
ditunjukkan dengan adanya cairan/lanyau (ooze) dan observasi dengan mikroskop pada
goresan bakteri dari permukaan yang diiris
di bawah air menunjukkan infeksi
bakteri.
Metode pengenceran seringkali
digunakan untuk mengisolasi bakteri. Tujuannya ialah untuk mendapatkan
koloni tunggal dari patogen yang diduga, sehingga menjamin isolasi kultur
murni yang hanya berisi satu jenis bakteri. Mediumnya harus sesuai dan permukaan
agar-agar harus kering.
Pastikan kemurnian kultur sebelum memulai pengujian.
Bekerja dengan kultur campuran merupakan usaha yang sia-sia dan memberikan
hasil yang tidak ada artinya. Banyak patogen tanaman yang dapat diidentifikasi
sementara dengan menggunakan beberapa pengujian.
Sebelum mencoba mengidentifikasi
kultur bakteri, kultur tersebut sebaiknya diperiksa kemurniannya. Hal ini
dilakukan dengan membuat larutan yang sangat encer dari beberapa sel dalam air
steril atau larutan garam steril dan membuatgoresan dengan jarum ose pada cawan
agar-agar yang kering, seperti untuk
goresan isolasi. Goresan diperiksa setiap
hari selama beberapa hari untuk mengecek apakah semua koloni identik. Koloni yang
tampak identik pada waktu tumbuh terpisah kadang terlihat berbeda jika tumbuh
berdekatan. Jika ada keraguan tentang kemurnian kultur pada tahap ini,
koloni tunggal sebaiknya dibuat lagi sub-kulturnyasampai kemurniannya terjamin. Tidak
ada gunanya bekerja dengan kultur campuran.
Pengujian goresan untuk mengecek
kemurnian sebaiknya juga digunakan untuk mengamati morfologi koloni.
Bentuk, ukuran, tekstur, tanda-tanda permukaan koloni, elevasi, tipe tepi,
konsistensi, warna, sifat tembus atau tidak tembus cahaya dan kecepatan pertumbuhan koloni
harus dicatat. Demikian pula adanya pigmen, presipitasi atau kristal sebaiknya
dicatat juga. Kunci dikotom (pembagian dalam dua
bagian) merupakan salah satu bentuk kunci paling awal yang digunakan
untuk mengidentifikasi bakteri.
Diagnosa mengikuti gerak maju langkah demi
langkah sepanjang rute percabangan. Walaupun kunci umumnya tidak dapat dipercaya
lagi dalam bidang yang lebih luas dari taksonomi bakteri, namun kunci
tersebut masih digunakan dengan baik oleh
ahli diagnosa yang tertarik pada patogen
tanaman. Haruslah hati-hati selama melaksanakan prosedur identifikasi,
terutama pada pengujian awal. Sejumlah
teknik lainnya digunakan untuk mempermudah
identifikasi bakteri patogen tanaman, seperti analisa asam lemak, uji tipe reaksi
terhadap fagotipe, antibodi monoklonal dan pemeriksaan asam nukleat. Sifat morfologi mempunyai nilai
sangat terbatas untuk identifikasi bakteri. Ukuran koloni, kecepatan
pertumbuhan, warna, tekstur dan sifat tidak tembus cahaya tidak memberikan cukup banyak
informasi untuk mengidentifikasi bakteri. Identifikasi bakteri bergantung
kepada satu seri percobaan yang menunjukkan ada atau tidak adanya enzim-enzim
tertentu. SEMOGA BERMANFAAT
Tidak ada komentar:
Posting Komentar